新居关所于庆长5年（1600年）由德川家康创立。当时，幕府为了保护江户，在全国设立了53个关所。其中，新居关所是幕府直辖管理百年中，为最严谨的地方。由于在江户时代中，发生自然灾害，关所被迫搬迁了两次，现在的关所为嘉永7年（1854年）地震中倒塌，直到安政5年（ 1858年）才被重建。尽管关所于明治2年（1869年）被废除，但从明治到昭和仍被用作学校和市政厅，因为是当时日本唯一留下的建筑，所以有很高的评价。因此，政府于大正10年（1921年）将其指定为国家历史遗迹，在昭和30年（1955年）指定为特殊历史遗迹。